港澳台论坛前身包括山东大学农学院植物病虫害学系、山东省立农学院植物病理学和昆虫学教研室以及齐鲁大学农业专科学校的一部分。1952年全国院系调整时，将其合并为山东农学院植物病虫害学系，1954年更名为植物保护系，2000年12月撤系建院，成立港澳台论坛。在几代教职工的共同努力下，学科建设迅速发展，在科教兴鲁、科教兴国、脱贫攻坚、乡村振兴事业中取得了丰硕成果，形成“思源、朴爱、求索、精诚”的植保精神。

学院设有植物病理学系、昆虫学系、农药学系、烟草学系、森林保护学系和菌物学系等6个系；现有植物保护、制药工程、烟草、森林保护、应用生物科学等5个本科专业，在校本科生1399人。设有植物保护学博士后科研流动站，拥有植物保护学一级学科博士授权点（含植物病理学、昆虫学、农药学等3个研究方向）、农业专业博士授权点、植物保护一级学科硕士授权点（含植物病理学、昆虫学、农药学、林草有害生物防控、烟草学等5个研究方向）、资源利用与植物保护专业硕士学位授权点，在校研究生469人。植物保护专业为国家品牌专业、国家一流本科专业建设点、山东省特色专业、卓越农林人才教育培养试点高校拔尖型人才培养专业。制药工程（农药方向）、烟草学为山东省一流本科专业建设点。获得山东省高水平应用型专业建设项目、教育服务新旧动能转换专业对接产业项目等立项，建设经费达5000万元。植物保护学科为山东省一流学科、山东省高水平学科（优势特色型），建设经费超1亿元。学院教师以第一完成人获山东省第九届教学成果特等奖1项。

学院现有教工116人，中国工程院院士李玉教授任名誉院长，专任教师87人（98.8%拥有博士学位，30%有国外留学经历），其中教授26人，副教授44人。中国科学院院士1人，国家杰出青年科学基金获得者1人，国家百千万人才工程1人，国家大宗蔬菜产业技术体系岗位科学家1人，教育部新世纪优秀人才2人，神农青年英才1人、中国科协青年人才托举工程1人，泰山学者特聘教授3人，泰山学者青年专家3人，泰山产业领军人才2人，省级教学名师1人，山东省专业技术拔尖人才3人，山东省有突出贡献中青年专家2人，山东省现代农业产业技术体系创新团队首席专家2人、副首席专家3人、岗位专家10人、试验站站长1人。学院现有农业农村部黄河下游作物有害生物综合治理重点实验室（部省共建）、国家植保微生物种质资源库（山东）、农药环境毒理研究中心（农业农村部认证单位）、山东省农业微生物重点实验室、山东省蔬菜病虫生物学重点实验室、山东省高等学校植物有害生物综合治理实验室、山东省高校农药毒理与应用技术省级重点实验室、山东省高等学校黄河流域农林作物病虫害综合治理协同创新中心、山东省烟草病虫害研究中心、山东省林业有害生物防控工程技术研究中心等省部级科研平台10个。本科实验教学中心拥有实验室15个，有昆虫、植病、杂草等标本室、农药加工实验室、植保站园、昆虫繁育试验场、菌物实训基地各1个。实验中心总面积1766平方米，仪器设备2500余台套，总值2550多万元。

科研工作取得了长足发展，主持国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家粮丰工程、国家“双减”项目、农业农村部行业公益项目、国家重点研发计划等国家和省部级科研项目100余项，年均科研经费3000万元，年均发表论文约150篇（SCI收录近80篇）、授权专利30余项。近年来学院教师以第一完成人获国家科技进步二等奖1项、山东省科技进步一等奖1项、山东省科技进步二等奖3项，参与获得国家科技进步一等奖1项、国家科技进步二等奖2项、省部级科技进步一等奖7项。学院不断加强同国内外院校的合作与交流，同瑞典、法国、美国、以色列、英国、日本等国家知名高校和院所建立了长期互访和合作关系。承办中国植物病理学会年会、中国菌物学会年会、中国森林保护学术大会等大型学术会议十余次。

学院始终将教学工作摆在突出位置，秉承“学生中心、产出导向、耕读合一”的教育教学理念，全面落实立德树人根本任务，坚持以学生发展为中心，强化理论和实践教学两翼同频共振育人，突出学生创新能力的培养，促进学生综合素质的不断提高，近年来获得以2项“互联网+”国赛金奖在内的几十项双创赛事奖项。加强师资队伍建设和课程体系改革，加强教材和教学条件的配套建设，提高教学质量, 在全校教学工作评估中多次获得优秀，办学水平和人才培养质量不断提高，形成了良好的院风学风。加强校地联系，多家企业在学院设立了企业奖学金和助学金。学生就业率一直名列学校前茅，连续多年获学校招生就业先进集体；本科生深造率连续23年超过50%，最高年份超过70%。迄今已有8500余名毕业生分别工作在教学、科研、技术推广、企业经营和党政管理岗位上，有的已成为中国科学院、中国工程院院士、优秀企业家或担任省、厅级领导职务。四位毕业生被评为港澳台论坛杰出校友、一位毕业生被评为港澳台论坛青年杰出校友。